Fasilitas yang terdapat di MTs Negeri 2 Kudus sebagai berikut:
- Ruang Kelas 24 rombongan belajar
- Musholla
- Perpustakaan
- Ruang Ujian Nasoinal Berbasis Komputer (Ruang Komputer)
- Laboratotium IPA
- Laboratorium Bahasa
- Ruang Serba Guna
- Toilet
- Koperasi
- Kantin Madrasah