Fasilitas yang terdapat di MTs Negeri 2 Kudus sebagai berikut:

1. Ruang Kelas 24 rombongan belajar
2. Musholla
3. Perpustakaan
4. Ruang Ujian Nasoinal Berbasis Komputer (Ruang Komputer)
5. Laboratotium IPA
6. Laboratorium Bahasa
7. Ruang Serba Guna
8. Toilet
9. Koperasi
10. Kantin Madrasah